日本负责出入境管理事务的行政机关是入境管理局。入境管理局主要负责外国人的入境查验、居留活动、再入境手续，对建反出入境法律者执行收容、驱逐以及难民身份等事项。
出入境管理局设在法务省内。在东京、大阪、名古屋、札幌等8个城市设立出入境管理局、4个支局和101个办事处。在国外由各驻外大使馆和领事馆主管出入境签证事务。在各科境口岸设有入境审查官，主管入境签证、证件的查验和居留期限、居留资格的认定工作。
日本的签证事务由外务大臣与法务大臣进行协商决定。
一般长期居留签证，就业签证等需要事前审查，大总值发都要由外大臣与法务大臣协商。签证的事前审查要由在外使领馆向外务大臣向法务大臣提出。然后外务大臣向法务大臣提出。法务省入境管理局通过各种渠道了解入境的真实目的后，然后由法务大臣向外务大臣提出是否给予签证的意见。所以此类签证，从提出申请到发放签证需要相当的时间。
日本驻华使馆负责办理其驻华领事馆领区以外人员申请前往日本的签证。日本驻华领事馆负责办理其领区范围内人员申请前往日本的签证。签证所需时间一般为8-10天。
日本于1951年公布了第一个出入境管理法，即《出入境管理令》，第二年制订《外国人登记法》。1982年公布了《外国人登陆法》，并且再次修定了《出入境管理令》，将其更改为《出入境管理暨难民认定法》，并在1990年实施修订的法案。该法主要内容分为外国人入境、居留、出境、驱逐出境、日本人的出国和归国等。
日本政府实行的入境管理制度同大多数国家一样，对不同的入境者发给不同的入境签证。不同的居留资格一般是由不同种类的签证或加注来表示的。日本的签证种类用阿拉伯字母来表示，从4-1-1一直排列到4-1-16。例如，到日本进行旅游观光、探亲访友的，居留资格为4-1-4；留学生的居留资格为4-1-6；到日本进行科研数学活动的，其居留资格为4-1-7等等。其中4-1-16又划分为1、 2、3三个类别，居留资格又分为普通居留资格、中级居留资格、高级居留资格和特殊居留资格四种。
日本驻外大使馆或领事馆在签发入境签证时，一般直接在签证下方注明居留资格编号，进入日本国境，入国检查官员在护照相馆上加盖“上陆许可”印章的同时，也同样注明居留资格编号，表示进一步确认入境者的身份。
日本《出入境管理令》有关条款规定的各种逗留资格及其逗留期限如下：
1． 外交官、领事官、随员及家属的逗留期限不受限制。
2． 从事日本政府所承认的外国政府及国际机构的公务人员及其家属逗留期限也不受限制。
3． 过境者的逗留期限为15天。
4． 观光者，还包括由娱乐、休养、民间团体主办的会议的参加者，竞技、比赛等的参加者、亲朋间的探亲访问，插花、茶道、柔道、禅等日本固有技艺的进修、宗教巡礼、友好城市及学校等组织的访问以及不从事伴有收益活动的其他入境者）的逗留期限为60天。
5． 从事贸易、事业及投资活动的人员（企业的管理与经营者）的逗留期限为3年。
6． 留学生（在短期大学以上的教育机构从事研究和接受教育的人员）的逗留期限为1年。
7． 在学术研究机构及教育机构从事研究指导和接受的人员（包括在短期大学以上的教育、研究机构任讲师、副教授、教授之职的人员）的逗留期限为3年。
8． 从事艺术及学术上的活动人员（包括音乐、美术、文学、科学及其他艺术上和科学上的活动人员）的逗留期限为1年。
9． 伴有收入的演剧、演艺、演奏、体育表演等行为的人员，逗留期限为60天。 10． 为从事宗教活动，由外国宗教团体派遣的人员，逗留期限为3年。
11． 作为外国亲闻、广播、电影及其他传播媒介的派遣员来日的工作人员，逗留期限为3年。
12． 国内公共、私人机构招聘的，提供产业上的高技术或特殊技术的人员，逗留期孕妇为3年。
13． 从事熟练劳动的人员（如中华料理的厨师、点心制造人员等，但一般不允许单纯的劳工入境），逗留期限为1年。
14． 永久居住的人员，逗留期限为永久性。
15． 逗留资格为5-13项的人员的配偶及其未成年子女（即所谓被扶养者）。逗留期限与其抚养者的逗留期限相同。
16． 逗留资格为5、10、11、12各项的人员中短期逗留者及其家属，逗留期限为180天。
17． 1952年法律第126条第2号第6项规定的人员的子女并在该法律实施之日后在日本出生的人员，逗留期限为3年。
18． 法务大臣特许的逗留人员（不属于其他逗留资格的人员，例如医生、技术研究修生、语言学术教师、各种学校学生、日本人无养亲族等。别外，即使从事其他逗留资格的活动，但逗留期限与逗留资格规定的逗留期限不同的场合，也适于此），其逗留期限在3年范围内个别指定。
19． 1953年政令第404号第14条第2项规定的人员的子女并在该法实施之日后在日本出生的人员，逗留的期限为3年。
在上述逗留资格中，如果是6（留学生）、7（邀请教授）、12（技术人员）和13（熟练劳动者）资格的人员，以申请入境时，必须持有相当其逗留资格的法务大臣的资格证明书。该资格证明书，除在本人申请签证时一并向日本在外使领馆提出外，还可以在持有4（观光客）等资格签证在日本逗留期间，向据入境管理事务所提出申请；或者由在日本居住的保证人向入境管理事务所代理申请，然后再寄送给国外的本人。
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